※本丸御殿正在开展保养修缮施工，目前不对外开放。
历史
本丸位于二条城的中心位置、以内护城河防守的区域。为迎接后水尾天皇于1626年（宽永3年）驾临，江户幕府第3代将军德川家光将二条城向西扩展，并新建了本丸。当时，本丸内还建造了“御殿”，但在1788年（天明8年）的大规模火灾中被烧毁。幕府末期（19世纪中叶），第15代将军德川庆喜再次建造了“御殿”,但于1881年(明治14年)左右被拆除。
现有本丸御殿是根据明治天皇的意向，于1894年（明治27年），从京都御所北面（位于今出川御门内）的桂宫家（亲王家族）宅邸将“御殿”的主要部分移建而成。当时二条城被用为离宫——即皇家别墅。
建筑
江户时代的宫家（亲王家族）宅邸目前在全国几乎都已湮灭。本丸御殿完好地保留宫家的起居空间特点，是极其宝贵的文物，故被指定为国家重要文物。移建工程完成后，时任皇太子（大正天皇）逗留于此约10次之多，可见二条城作为离宫发挥了重要作用。本丸建筑由“玄关”、“御书院”、“御常御殿”、“厨房及雁之间”4座房屋构成。
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玄关（门厅）
玄关为本丸御殿的正门口，附设了带“唐破風（曲线山花）”的车辆停靠处，样式规格足够高，适合迎接贵客。
客人被请到里面之前，先在这里等候。
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御常御殿
御常御殿是日常的工作与生活空间，由用于政务办公的“御座之间”、办公时间后用于休息的“御寝之间”等组成，从客厅装饰布局、挂吊蚊帐金属件、障壁画等中，随处可见其独特设计风格。2层设有可眺望秀美风景的秀“数寄屋”样式客厅。
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御书院
御书院由用于正式会客的 “中书院”、供客人等候的“小书院（四季之间）”等组成，是为接待客人而建的。其风格特点在“床（指客厅的装饰用空间）”、“违棚（错开而设的置物架）”、障壁画等设计中随处可见。中书院三之间的很特别，拆除榻榻米草席即可作为能乐舞台使用。由此可见，在“公家（指贵族阶层）”迎客与能乐有着密切的关系。
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厨房与雁之间
厨房没有吊顶，梁上可看见由“束（支柱）”、“贯（横木）”组成的结实“小屋组（屋顶支撑组件）”。雁之间是起居室，设有绘有大雁振翅欲飞的障壁画。
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玄关（门厅）
- 玄关为本丸御殿的正门口，附设了带“唐破風（曲线山花）”的车辆停靠处，样式规格足够高，适合迎接贵客。
客人被请到里面之前，先在这里等候。
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御常御殿
- 御常御殿是日常的工作与生活空间，由用于政务办公的“御座之间”、办公时间后用于休息的“御寝之间”等组成，从客厅装饰布局、挂吊蚊帐金属件、障壁画等中，随处可见其独特设计风格。2层设有可眺望秀美风景的秀“数寄屋”样式客厅。
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御书院
- 御书院由用于正式会客的 “中书院”、供客人等候的“小书院（四季之间）”等组成，是为接待客人而建的。其风格特点在“床（指客厅的装饰用空间）”、“违棚（错开而设的置物架）”、障壁画等设计中随处可见。中书院三之间的很特别，拆除榻榻米草席即可作为能乐舞台使用。由此可见，在“公家（指贵族阶层）”迎客与能乐有着密切的关系。
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厨房与雁之间
- 厨房没有吊顶，梁上可看见由“束（支柱）”、“贯（横木）”组成的结实“小屋组（屋顶支撑组件）”。雁之间是起居室，设有绘有大雁振翅欲飞的障壁画。
本丸御殿的障壁画
本丸御殿内有以四季应时的植物、风景、风俗为主题的障壁画。其中，出自于狩野永岳之手的《松鹤图》尤其精致，描写到鹤的每一根羽毛的细腻笔法与鲜艳色彩彷佛从在金砂散落的背景中浮现出来，堪称精品，适合于设在格调高雅的空间。此处障壁画作者都是拔尖的优秀画师，多半人都绘制过京都御所内的障壁画。本丸御殿的障壁画作品群传递了幕府末期的宫廷文化，具有珍贵价值。
- 御常御殿的障壁画《松鹤图》，作者：狩野永岳
保护性修缮工程
其主要目的是修正因阪神淡路大地震所产生的构件歪形，同时为保障文物建筑所需的安全性能，进行抗震化加固。为此，从2017年（平成29年）开始着手本丸御殿的保护性修缮工程。
此工程计划于2023年完成，完工后，一楼部分将全年对外开放，并将御书院的能乐舞台等设施用于文化活动。