本計畫花費超過20年的時間，修復以國寶與重要文化財建築物（共28棟）為主的城內文化財產建築物。始於2011年（平成23年）。
為了保護二條城作為文化財的價值，且作為京都具有代表性的文化旅遊設施，基於確保參觀遊客的安心與安全的目的，目前正在進行包含抗震強化在內等正式的修理與活用建設。
計畫費用規模合計預估超過100億日圓。
預定的計畫對象
二之丸御殿（國寶）
- 大幅改建，以及改建為近代離宮，並傳承至今。在授予京都市後，於1949年～1955年（昭和24～30年）進行了大規模的維修，但經過大約70年，包括牆壁和屋頂均可見到嚴重的損傷。
重要文化財建築物
除二之丸御殿外，二條城另有22座重要文化財建築物，與二之丸御殿相同，牆壁和屋頂均有損傷。
二樓走廊及溜藏的修復
在寬永時代的大幅改建時，為了讓後水尾天皇無需走下地面，即可從二之丸御殿穿過內護城河到達本丸御殿而興建了此建築，其中一部分一直保留到1930年（昭和5年）。被拆除的建材現在仍予以保存，且已知可將結構修復至近乎原有的狀態。
實施中的計畫對象
東南隅櫓北方多門塀 2024～2025年度（令和6～7年度）
- 連接東大手門和東南隅櫓，全長約42公尺的多門牆。雖於1933年（昭和8年）針對灰泥牆、1949年（昭和24年）針對屋頂進行了修理，但因長年劣化造成嚴重損傷，因此進行修理。
東南隅櫓北方多門塀
已竣工的計畫對象
唐門、築地 2011～2013年度（平成23～25年度）
唐門在小屋內有一幅1625年（寬永2年）的墨跡，一般認為這是配合翌年後水尾天皇造訪的一系列工程所建。從1975年（昭和50年）進行修理以來，已經過了36年，因年代久遠造成的損壞日益嚴重。在這次的工程中，更換了屋頂（日本扁柏樹皮），並進行塗漆、雕刻、金屬裝飾的修理。
進行修理時，在拆卸金屬裝飾時，發現椽木前端的金屬與破損的金屬上雕刻著葵紋。推測應是在二條城更改為離宮的明治中期，將葵紋修改為菊紋。
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- 修理前（唐門）
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- 修理後（唐門）
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- 椽木端部五金配件
剝開菊紋圖案發現了葵紋圖案。
東大手門 2014-2016年度（平成26-28年度）
東大手門是二條城的正門，面對堀川通而建。原本是配合後水尾天皇造訪興建，1662年（寬文2年）整修後成為現在的模樣。從1950年（昭和25年）進行修理以來，已經過了64年，因年代久遠造成的損壞日益嚴重。進行抗震補強的同時，也重葺屋頂（瓦片），並進行了灰泥牆、大門、裝飾金屬等的修理。
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- 修理前（東大手門）
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- 修理後（東大手門）
本丸御殿 2017～2023年度（平成29～令和5年度）
寬永大幅改建時所興建的本丸御殿，於1788年（天明8年）的大火中燒毀。幕府末期，第15代將軍德川慶喜在該遺址建造了臨時御殿，但於1881年（明治14年）左右被拆除。現存的本丸御殿，是1894年(明治27年）將位於京都御所的桂宮家建築主體遷建而成。
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- 本丸御殿玄關
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- 本丸御殿御常御殿
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- 本丸御殿御書院
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- 本丸御殿廚房及雁之間
1995年（平成7年）在阪神淡路大地震中受災，隨後雖進行了臨時補強，但因抗震性有疑慮，所以從2007年（平成19年）起停止對外開放。進行抗震補強的同時，也重葺屋頂（瓦片），並進行了木材部分、牆壁、建材、裱褙品、照明器具等的修理。此外亦進行了其他活用建設，以供對外開放或活動等使用。
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- 修理前（本丸御殿玄關）以支撐桿支撐
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- 修理後（本丸御殿玄關）進行抗震補強
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- 修理前（本丸御殿玄關）以結構用合板支撐
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- 修理後（本丸御殿玄關）進行抗震補強
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- 修理後（本丸御殿全景）
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- 修理後（本丸御殿御常御殿）
何謂保存修繕工程
抗震加固
- 對房頂架構和牆壁等地方使用加固材料進行加固，另外改用可減少鋪設屋頂瓦片泥土使用量的「空葺工法」以便減輕屋頂的重量。
障壁畫的整修
- 障壁畫是由有圖案畫的「本紙」，以及為了增加強度而貼附為一體的「裱褙紙」粘貼在門窗隔扇上而構成的。透過定期更換裱褙紙，可以延長本紙的壽命。還有去除畫面上的污垢。
