後水尾天皇的行幸
為了鞏固德川家的地位，第二代將軍秀忠的女兒和子於1620年嫁給後水尾天皇成為了中宮娘娘。為了這一儀式在1619年對二條城進行了修建，1620年6月18日和子在眾多隨從的陪同下由二條城出發前往御所。1626年，引退後的第二代將軍秀忠與第三代將軍家光到訪二條城，迎接後水尾天皇為期5天的行幸。為了此次造訪，於1624年開始對二條城進行擴建，形成了目前的規模。為了祝賀，新建了天守閣與行幸御殿、本丸御殿等。將軍所資助的畫家狩野派在牆壁上繪製了壯麗的畫作。天皇行幸時表演了能及和歌，演奏了傳統音樂，舉行了騎馬和蹴鞠等活動。行幸後，行幸御殿及其他幾個建築物被拆除。天守閣與本丸御殿後來被燒燬。二之丸御殿成為了該城
歷史上最繁榮時期的行幸的重要遺構。1635年至1863年，將軍不逗留在二條城而荒廢。
大政奉還
- 1867年，江戶幕府的統治結束，並在二條城宣佈將政權移交給天皇。
18世紀末，外國使節團要求將軍結束約200年的閉關鎖國，與外國進行通商。此事引起了社會混亂。日本南方的武士試圖通過武力結束江戶幕府，將政權交還天皇。迫於這種形勢，第15代將軍德川慶喜於1867年10月13日在二條城召集了40個藩的重臣徵求意見。結果在第二天宣佈將政權歸還天皇，並於1867年10月15日得到天皇的同意。雖然中間出現了一些小戰爭，但在沒有人員傷亡的情況下於1868年春將江戶城移交給了朝廷，江戶幕府時代宣告結束，日本開始步入近代社會。由於政權回歸天皇，開啟明治時代，因此被稱為明治維新。 
大正天皇即位大饗宴
1915年繼承明治天皇皇位的大正天皇在御所舉行了即位大典。大典後在二條城設饗宴款待朝臣、外國的高官、首相。這是由於二條城在明治維新以後變成了天皇的行宮。為了此次饗宴，新建了眾多建築物，饗宴結束後被拆除，目前只留下了南門。