此工程自2011年（平成23年度）启动，主要对场内共28栋文物建筑、以及其他所有历史建筑等进行修缮和保养，计划耗时约20年。在工程中，除保护二条城的文物价值之外，还为保障游客的放心和安全，将主结构加固等内容也纳入到此次工程，以使二条城具备京都代表性文化游景点应有的性能。
本丸御殿（国家级重要文物）
- 由玄关（大门）、御常御殿、御书院、厨房、雁之间4栋建筑构成。这部分建筑是在二条城归为皇家所有并改为离宫后，从京都御苑内的桂宫家旧宅移建过来的。由于在抗震性能调查中被指出存在问题，自 2007年（平成19年）起停止开放，正在计划实施大规模加固工程，以备重新对外开放。
二之丸御殿（国宝，即最高级国家重要文物）
- 自德川家康创建二之丸御殿以来，经过宽永年间大改建、明治时期的离宫建设等改造后，形成了现有面貌。京都市政府受赐后于昭和24年至30年进行过大规模维护修缮，但现在已过50余年，墙壁、屋顶等都出现了较严重的损伤。
两层桥走廊与溜藏
在后水尾天皇驾临（1626年）至二条城之前，专程建筑了一座跨越内护城河的两层式桥梁并设置了走廊，建成后可以从二之丸御殿直接前往达本丸御殿，而不再需要走一段户外地面。部分设施一直留存到1930年（昭和5年），虽然目前已被拆卸，但经调查发现，原有建材都至今保存在城堡内，可实现基本复原。
| 第1期 | 2011-2013年度 | 唐门与筑地 |
|---|---|---|
| 2014-2016年度 | 东大手门 | |
| 2015-2017年度 | 哨所 | |
| 第2期 | 2017-2023年度 | 本丸御殿 |
| 第3期 | 2024-2027年度 | 二之丸御殿（城书院等共2栋） |
| 溜藏与两层桥走廊 | ||
| 第4期 | 2028-2036年度 | 二之丸御殿 |
| 东南隅橹（箭楼）等共14栋 |
＊总共费预计达到100亿日元以上。
已经完工的区域
唐门与筑地 2011-2013年度
由于唐门的“小屋组（支撑屋顶的构件）”内写有“宽永2年（1625年）”墨书，可认为此工程是为翌年迎接后水尾天皇驾临而进行的系列工程之一。自上次工程（1975年（昭和50年竣工）已过36年，因老化而发生一些破损。在此次工程进行了屋顶材料的更换、重新涂漆、以及雕刻装饰件的修缮。
为修理取下金属装饰件时，出现了用于“垂木鼻（穿过支柱而出的横梁尖端）”尖端的金属装饰件、以及用于隐藏破损处的金属装饰件，都刻有代表德川家族的“葵纹”图案。二条城在1867年(庆应3年)的“大政奉还”事件后归朝廷所管。可以推测，原有“葵纹”图案大致于明治年间（1868-1912）中期都改为代表皇家的“菊纹”。
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- 修缮前（唐门）
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- 修缮后（唐门）
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- 设在“垂木鼻”尖端的金属件
摘下菊纹就有葵纹
东大手门 2014-2016年度
东大手门朝向堀川通（路名）而建，是二条城的正门，在后水尾天皇临驾之际修建后，经1662年(宽文2年)改建成为了现在的面貌。自上次修缮工程（1950年，即昭和25年竣工）已有64年，老化导致的破损日益严重。工程中，在增强抗震能力的同时，还进行了屋顶材料更换、正面门周围的复原。
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- 修缮前（东大手门）
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- 修缮后（东大手门）
保护性修缮工程
其主要目的是修正因阪神淡路大地震所产生的构件歪形，同时为保障文物建筑所需的安全性能，进行抗震化加固。除此之外，还将进行腐朽木材、障壁画等的修复。
抗震化加固
- 除了对支撑屋顶的构件（小屋组）和墙面等增加加固件之外，还将调整屋顶瓦片的固定方式，改为减少泥土使用量的“空葺”方式，来减轻屋顶重量。
修复障壁画
- 障壁画由画有绘画的“本纸”、用于加固而叠加贴合的“里打纸（衬纸）”、以及门扇等架构而组成。若定期更换衬纸，可使本纸长久保持原样。在修复中还将去除画上的污垢。
